太阳耀斑发生在太阳的色球层。发生在太阳大气局部区域的一种最剧烈的爆发现象就是太阳耀斑，可以在短时间内释放大量能量，从而引起局部区域瞬时加热，向外发射各种电磁辐射，并且伴随着粒子辐射突然增强，不过太阳耀斑所出现的频率不定。
通常大部分耀斑均发生在黑子群的上空，而且黑子群的结构与磁场性越是复杂，发生大耀斑的几率就会越高。一个正常发展的黑子群几个小时就会产生一个耀斑，但真正对地球有强烈影响的耀斑却很少。
一般小型耀斑要比大型耀斑较多出现，太阳的活动周期是11年，而在活动高峰期时候会有特别多的黑子出现，也有较多的耀斑出现，因此一般认为发生在色球层，又称之为色球爆发。
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